Doctoral Degree in Engineering

With Certificate of Graduation for Doctorate Study

电子科技大学

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Profile:

白明泽,男,博士,教授,硕士生导师,无党派人士,重庆市第三批“学术技术带头人”后备人选。

 

现任职务:重庆邮电大学生物信息学系主任、大数据生物智能重庆市重点实验室副主任等。

 

社会/学术兼职:重庆市南岸区第十九届人大代表、重庆市知联会会员、重庆邮电大学知联会副会长、重庆市生物信息学会副理事长。曾担任Bioinformatics等期刊审稿人。

 

通讯地址:重庆市南岸区崇文路2号 重庆邮电大学生物信息学院 400065

 

Emailbaimz#cqupt.edu.cn

 

主要研究兴趣

从事生命健康大数据的存储、分析和知识挖掘领域内基础算法、生物信息工具和服务的研究。

 

主要研究方向:

1.     蛋白质组信息学

研究蛋白质组学质谱数据的鉴定算法、大数据存储和分析以及应用。现开展大规模、全自动的蛋白质组学重分析管道quantms研发,以及quantms生态圈(文件格式、数据处理工具等等);同时开展蛋白质组学大数据分析的应用,比如大规模质谱图聚类,大规模谱图库构建以及各种组织/肿瘤的蛋白质表达参考数据库等等。

2.     多组学数据整合分析

开展蛋白质组学、代谢组学和转录组学等多种组学的联合分析,挖掘其中生物标志物、探索生物和疾病相关发生发展的机制。

3.     大语言模型在生物医学文本挖掘中的应用

基于BERT、ChatGPT等预训练大模型/API,研发生物医学文本挖掘模型和应用。现开展尿液生物标志物和疾病挖掘、基因组变异挖掘、蛋白质组学数据集自动人工注释的模型和应用的研究。

 

学术简历:

l  曾参与中国人类蛋白质组计划,NIH的BD2K计划;

l  与欧洲生物信息研究所PRIDE团队合作建立BD2K计划中的多组学数据引擎Omics Discovery Index (OmicsDI, http://www.omicsdi.org,成果发表于Nature Biotechnology,共同一作);

l  参与建立中国的整合蛋白质组资源系统iProXhttp://www.iprox.org, 成果发表于Nucleic Acids Research,ESI高被引论文);

l  与PRIDE团队合作发展了蛋白质组学大数据分析相关的文件标准MAGE-TAB-Proteomics(发表于Nature Communications,共同通讯作者)、自动化管道工具quantms等。

 

学术成果:

l  主持国家自然科学基金项目1项,省部级项目2项,省部级重大专项项目子课题1项,参与多项国家级、省部级项目;

l  以共同第一作者/通讯作者在Nature Biotechnology、Nature Communications等期刊上发表论文2篇,并在Nucleic Acids Research、Bioinformatics等期刊上发表SCI检索论文20余篇 (其中3篇的他引数超过40,并有1篇为ESI高被引论文) 。

l  授权国家发明专利4件。

 

其他荣誉:

荣获重庆邮电大学十佳青年教师(2017)、重庆邮电大学风采导师奖(2019)、重庆邮电大学优秀教师等称号。

 

学习/工作经历:

1999.09 - 2003.07,重庆邮电学院信息与计算科学专业,学习;

2003.07 - 今,     重庆邮电大学生物信息学院,工作;

2006.07         重庆邮电大学计算机学院计算机应用专业毕业,获硕士学位

2012.12          电子科技大学计算机学院计算机软件与理论专业毕业,获博士学位;

2015.02 - 2016.01,欧洲生物信息研究所(EMBL-EBIPRIDE团队,访问学者;

2016.07 - 2019.08,国家蛋白质科学中心(北京)/凤凰中心分子系统组,交流合作。

 

已发表的论文:

 


1999.9  to  2003.7
重庆邮电学院 | 信息科学 | University graduated | Bachelor's Degree in Science
2003.9  to  2006.6
重庆邮电大学 | 计算机及应用 | With Certificate of Graduation for Study as Master's Candidates | Master's Degree in Engineering
2007.9  to  2012.12
电子科技大学 | 计算机软件 | With Certificate of Graduation for Doctorate Study | Doctoral Degree in Engineering

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蛋白质组学大数据存储、分析方法研究
生物组学大数据存储与知识挖掘

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